No dia seguinte à partida da esquadra portuguesa, em 30 de novembro de 1807, as tropas francesas comandadas pelo general Junot entraram em Lisboa, encontrando uma cidade em choque diante da recente e repentina partida de sua família real.

A ocupação francesa, que se estenderia por pouco mais de um ano, foi marcada por medidas de exploração econômica severas, incluindo pesadas contribuições financeiras impostas à população e o confisco de bens pertencentes à Coroa e à nobreza portuguesa.

A ausência da família real, embora estrategicamente planejada para preservar a soberania da monarquia, deixou a população portuguesa numa situação de vulnerabilidade e desamparo diante do domínio militar estrangeiro imposto por Napoleão.

A reação portuguesa à ocupação francesa manifestou-se de diferentes formas ao longo dos meses seguintes, incluindo movimentos de resistência popular e a formação de juntas governativas em diversas regiões do país, à revelia da autoridade francesa instalada em Lisboa.

Esses movimentos de resistência, somados à intervenção militar britânica na Península Ibérica, culminariam em sucessivas expulsões das tropas napoleônicas de território português ao longo dos anos seguintes, num conflito que ficaria conhecido como Guerra Peninsular.

Enquanto Portugal enfrentava essa turbulenta ocupação estrangeira, a família real e sua comitiva permaneciam em pleno mar, enfrentando os próprios desafios impostos por uma travessia atlântica realizada em condições extremamente precárias.

A viagem, que deveria durar poucas semanas, estendeu-se por quase dois meses devido a fortes tempestades que atingiram a esquadra logo nos primeiros dias de navegação, dispersando os navios e agravando consideravelmente as condições a bordo.

As embarcações, superlotadas e mal equipadas para transportar tamanho contingente de passageiros, enfrentaram graves problemas de abastecimento de água e alimentos, além de surtos de doenças que se espalharam rapidamente entre os ocupantes dos navios.

Diante da tempestade que separou a frota, parte dos navios, entre eles o que transportava Dom João e boa parte da família real, seguiu rumo à Bahia, enquanto outra parcela da esquadra rumou diretamente para o Rio de Janeiro.