Diante do fracasso generalizado do sistema de capitanias hereditárias, o rei D. João III decidiu, em 1548, implantar um governo centralizado para administrar toda a colônia brasileira.

Essa reforma administrativa criou o cargo de governador-geral, com sede fixa e autoridade sobre todos os donatários, embora as capitanias que ainda funcionavam continuassem a existir formalmente.

Tomé de Sousa foi o primeiro nomeado para o cargo, chegando ao Brasil em 1549 à frente de uma grande esquadra com colonos, funcionários administrativos, padres jesuítas e degredados.

Junto com Tomé de Sousa vieram os primeiros jesuítas da Companhia de Jesus, liderados pelo padre Manuel da Nóbrega, com a missão de catequizar os indígenas e consolidar a presença da Igreja Católica na colônia.

Uma das primeiras e mais importantes ações do novo governador foi a fundação da cidade de Salvador, na Bahia, escolhida como sede administrativa por sua posição estratégica e boa baía natural.

Salvador foi planejada como uma cidade fortificada, com uma parte alta destinada à administração e à Igreja, e uma parte baixa voltada ao comércio e ao porto.

O Regimento de Tomé de Sousa, documento que orientava sua atuação, estabelecia diretrizes sobre defesa militar, relação com os indígenas, distribuição de terras e cobrança de tributos.

Ao governador-geral cabiam funções amplas: comandar a defesa militar de toda a colônia, promover a Justiça e fiscalizar a arrecadação da Fazenda Real.

Para auxiliá-lo, foram criados cargos específicos, como o de ouvidor-geral, responsável pela Justiça, e o de provedor-mor, encarregado das finanças.