O Governo-Geral também precisou lidar com tensões crescentes na relação entre colonos e indígenas, especialmente diante da intensificação da escravização nativa para o trabalho nos engenhos.

Os jesuítas, sob a liderança de Manuel da Nóbrega e depois de José de Anchieta, posicionaram-se muitas vezes contra a escravização indígena, defendendo a catequese como alternativa à violência.

Esse conflito de interesses entre colonos, que dependiam da mão de obra nativa, e jesuítas, que buscavam proteger os índios convertidos, geraria disputas recorrentes ao longo de todo o período colonial.

Paralelamente, teve início um processo mais intenso de importação de escravizados africanos, sobretudo a partir da segunda metade do século XVI, para suprir a crescente demanda dos engenhos açucareiros.

O tráfico transatlântico de pessoas escravizadas tornaria-se, nas décadas seguintes, uma das bases estruturais da economia colonial brasileira, com consequências profundas e duradouras.

Doenças trazidas pelos europeus, como varíola e sarampo, também dizimaram populações indígenas inteiras, agravando ainda mais a crise demográfica nativa.

Ao final do século XVI, a estrutura de governo centralizado já havia se consolidado, com Salvador funcionando como capital administrativa e militar de toda a colônia.

As capitanias que ainda existiam passaram a se subordinar, na prática, às diretrizes emanadas do governador-geral, embora mantivessem certa autonomia local em questões cotidianas.

Esse arranjo institucional permaneceria, com ajustes, como o modelo básico de administração colonial até o início do período joanino, no século XIX.