A situação mudou definitivamente na década de 1530, quando o rei D. João III percebeu a necessidade urgente de efetivar a posse do território diante da crescente ameaça de invasões estrangeiras.

Em 1530, uma expedição colonizadora chefiada por Martim Afonso de Sousa foi enviada ao Brasil, com a missão de expulsar os invasores franceses e fundar o primeiro povoado permanente.

Foi assim que, em 1532, surgiu a vila de São Vicente, no litoral paulista, considerada o marco inicial da colonização efetiva do Brasil.

Diante da imensidão territorial e da falta de recursos da Coroa para administrar diretamente a colônia, optou-se por um modelo de colonização já testado em outras possessões portuguesas, como a Ilha da Madeira.

Esse sistema, conhecido como capitanias hereditárias, consistia na divisão do litoral brasileiro em grandes faixas de terra doadas a particulares de confiança do rei.

Os donatários, em geral membros da pequena nobreza ou burocratas a serviço da Coroa, recebiam amplos poderes administrativos e judiciais sobre suas capitanias.

Em troca, os donatários assumiam a responsabilidade integral pelos custos de povoamento, defesa e desenvolvimento econômico de suas terras, sem receber ajuda financeira direta da metrópole.

Essa transferência de encargos permitia à Coroa portuguesa expandir sua presença no Novo Mundo sem comprometer os recursos que ainda alimentavam o lucrativo comércio com o Oriente.

O sistema, contudo, traria resultados bastante desiguais, como seria observado nas décadas seguintes de ocupação do litoral brasileiro.