Apesar dos fracassos generalizados, o legado das capitanias hereditárias permaneceria como uma marca profunda na formação territorial e social do Brasil.

A estrutura fundiária baseada em grandes propriedades, herdada do sistema de sesmarias distribuídas pelos donatários, consolidou o latifúndio como base da economia colonial.

Essa concentração de terras nas mãos de poucos proprietários teria consequências duradouras na organização social e econômica do país por séculos.

Pernambuco e São Vicente, os dois casos de relativo sucesso, tornaram-se modelos que inspirariam a futura organização administrativa da colônia sob o governo centralizado.

A experiência acumulada por Duarte Coelho no combate aos indígenas e na organização da produção açucareira serviria de referência para outras regiões do litoral.

Da mesma forma, a experiência de Martim Afonso de Sousa na fundação de vilas organizadas contribuiria para os futuros planos de povoamento da Coroa.

Diante da necessidade de reformular o sistema de administração colonial, a Coroa portuguesa começou a estudar, ainda na década de 1540, a criação de um governo unificado.

Esse novo modelo previa a nomeação de um governador-geral, com autoridade sobre todas as capitanias, subordinado diretamente ao rei de Portugal.

A implantação desse sistema marcaria uma nova fase da colonização, conhecida como período do Governo-Geral, que teria início em 1548.