A maioria das demais capitanias, entretanto, fracassou diante de uma combinação de fatores adversos que se mostrariam praticamente insuperáveis para donatários isolados.

A falta de recursos financeiros próprios impedia investimentos consistentes em infraestrutura, defesa e atração de colonos dispostos a arriscar a vida no além-mar.

Os ataques constantes de grupos indígenas hostis, muitas vezes provocados pela violência inicial dos próprios colonizadores, dizimaram povoados inteiros em capitanias como Bahia e Espírito Santo.

A imensidão do litoral e a distância entre as capitanias dificultavam qualquer auxílio mútuo entre os donatários em momentos de crise, deixando cada núcleo colonial isolado diante das adversidades.

Some-se a isso a inexperiência administrativa de muitos donatários, que jamais haviam exercido funções de governo em terras tão distantes e desconhecidas.

Capitanias como Santo Amaro, Itamaracá e Ilhéus enfrentaram sucessivos reveses, e algumas jamais chegaram a ser efetivamente povoadas.

O caso mais dramático foi o da capitania da Bahia, onde o donatário Francisco Pereira Coutinho foi morto pelos índios Tupinambá em 1546, e o povoado foi praticamente destruído.

Diante desse cenário de fragmentação e fracasso generalizado, tornou-se evidente para a Coroa portuguesa que o modelo descentralizado não seria suficiente para garantir a posse efetiva da colônia.

Era necessário criar um novo mecanismo de governo capaz de centralizar decisões, unificar a defesa e coordenar o desenvolvimento de todo o território brasileiro.