Um dos episódios mais significativos da atuação jesuítica foi a chamada Confederação dos Tamoios, uma aliança de povos indígenas que resistiu à expansão portuguesa entre 1554 e 1567.

Os jesuítas, especialmente Nóbrega e Anchieta, atuaram como mediadores em negociações de paz, buscando evitar o extermínio dos grupos indígenas envolvidos no conflito.

Episódio célebre foi a permanência de Anchieta como refém entre os índios tamoios em Iperoig, atual Ubatuba, período no qual teria escrito parte de sua obra poética em latim.

As missões jesuíticas também tiveram papel fundamental na expansão territorial portuguesa, servindo como avançadas de ocupação em regiões distantes do litoral.

No sul da colônia, missões estabelecidas na região que futuramente seria disputada entre Portugal e Espanha ajudaram a firmar a presença lusitana em áreas de fronteira sensível.

Essas mesmas regiões, mais tarde, seriam palco de conflitos entre jesuítas espanhóis e portugueses, e posteriormente de disputas territoriais entre as duas coroas ibéricas.

Com o passar das décadas, os aldeamentos jesuíticos concentraram grande contingente populacional indígena, gerando insatisfação crescente entre colonos que viam ali mão de obra disponível não aproveitada.

Esse ressentimento acumulado explodiria de forma mais evidente no século seguinte, quando expedições de bandeirantes paulistas passaram a atacar diretamente as missões em busca de indígenas para escravizar.

Esses ataques, especialmente contra as missões situadas no atual território do Rio Grande do Sul e em áreas vizinhas, marcariam um dos capítulos mais trágicos da história indígena colonial.