Manuel Beckman, principal liderança do movimento, foi capturado, julgado e condenado à morte por enforcamento, executado publicamente em novembro de 1685 como forma de exemplo aos demais colonos.

Seu irmão Tomás Beckman conseguiu escapar da execução, mas foi posteriormente capturado e degredado para Portugal, onde permaneceria preso por vários anos.

A execução de Manuel Beckman tornou-se um símbolo da repressão da Coroa portuguesa contra movimentos de contestação da autoridade metropolitana na colônia.

Apesar da dura repressão aos líderes, a Coroa portuguesa reconheceu parcialmente a legitimidade de algumas reivindicações dos revoltosos, extinguindo a Companhia de Comércio do Maranhão em 1685.

Essa medida representou uma vitória parcial e póstuma dos colonos maranhenses, ainda que tenha custado a vida de sua principal liderança.

A questão da escravização indígena, no entanto, permaneceu como fonte de tensão constante entre colonos e jesuítas na região amazônica por muitas décadas seguintes.

A Revolta de Beckman é considerada por muitos historiadores um dos primeiros movimentos de contestação organizada contra o sistema colonial português, antecedendo outras rebeliões que marcariam os séculos seguintes.

O episódio evidenciou as tensões estruturais entre colonos, autoridades metropolitanas, companhias de comércio monopolistas e ordens religiosas, características que se repetiriam em diferentes contextos coloniais.

Esse conflito também demonstrou os limites do controle metropolitano sobre regiões distantes e isoladas como o Maranhão, dependentes de decisões tomadas a milhares de quilômetros de distância.