As consequências administrativas da Guerra dos Emboabas foram profundas e duradouras, levando a Coroa portuguesa a reorganizar completamente a estrutura de governo sobre o território que havia sido, até então, parte da capitania de São Paulo.

Em 1709, foi criada a Capitania de São Paulo e Minas do Ouro, unificando temporariamente as duas regiões sob uma única administração, numa tentativa de conciliar interesses paulistas com o controle direto sobre a produção aurífera.

Essa solução provou-se, no entanto, apenas transitória, uma vez que os interesses econômicos e políticos ligados diretamente à mineração exigiam uma administração especializada e mais próxima geograficamente das próprias áreas de extração de ouro.

Em 1720, a Coroa determinou a separação definitiva entre as duas regiões, criando a Capitania de Minas Gerais como unidade administrativa autônoma, com sede em Vila Rica, e devolvendo a São Paulo sua condição de capitania independente.

Essa reorganização territorial refletia o reconhecimento, por parte da metrópole, da importância estratégica e econômica que a região das minas havia adquirido em poucas décadas, exigindo instrumentos próprios e mais eficientes de controle fiscal.

A Capitania de Minas Gerais tornou-se, a partir de então, uma das mais ricas e vigiadas possessões portuguesas na América, sujeita a um aparato administrativo e militar consideravelmente mais robusto do que o das demais capitanias.

A derrota paulista na Guerra dos Emboabas não significou, contudo, o fim da presença paulista na exploração do interior, uma vez que muitos sertanistas redirecionaram suas expedições para outras regiões ainda inexploradas, como Goiás e Mato Grosso.

Novas descobertas de ouro nessas capitanias mais distantes, ocorridas ao longo das décadas seguintes, garantiriam aos paulistas um papel renovado na expansão da fronteira mineradora, ainda que sob controle administrativo cada vez mais rigoroso da Coroa.

O episódio da Guerra dos Emboabas evidenciou, de forma dramática, como a riqueza mineral transformou as relações de poder no interior da colônia, antecipando tensões que marcariam o restante do período colonial em Minas Gerais.