O conflito armado teve início efetivo em novembro de 1708, quando um grupo de emboabas atacou e matou o líder paulista Manuel Nunes Viana em uma emboscada, embora este tenha sobrevivido ao ataque, tornando-se posteriormente liderança dos próprios emboabas.

Os confrontos se espalharam rapidamente por diversos arraiais mineiros, com ataques e retaliações entre grupos armados de ambos os lados, resultando em saques, incêndios de habitações e numerosas mortes entre paulistas e forasteiros.

A superioridade numérica dos emboabas, que contavam com contingentes muito mais numerosos vindos de diferentes partes da colônia, revelou-se decisiva no desenrolar do conflito, colocando os paulistas em posição de crescente desvantagem militar.

O episódio mais dramático da guerra ocorreu no chamado Capão da Traição, próximo ao arraial do Rio das Mortes, onde um grande contingente de paulistas foi cercado e massacrado por forças emboabas, em um dos confrontos mais sangrentos do período.

Esse massacre, ocorrido no início de 1709, marcou o ponto de inflexão decisivo do conflito, forçando os sobreviventes paulistas a se retirarem progressivamente das principais áreas de mineração, então já dominadas pelos grupos emboabas.

Diante da escalada da violência e do risco de desestabilização completa da região aurífera, o governo colonial português decidiu intervir diretamente, enviando um novo governador com plenos poderes para restabelecer a ordem nas minas.

O governador Antônio de Albuquerque Coelho de Carvalho, enviado especialmente para pacificar a região, conseguiu negociar uma trégua entre as partes ao longo de 1709, oferecendo garantias e cargos administrativos que satisfizessem lideranças de ambos os grupos rivais.

Ainda assim, os paulistas, derrotados militarmente e enfraquecidos politicamente, viram-se progressivamente marginalizados no controle direto sobre as minas, que passaram a ser dominadas majoritariamente por emboabas e por representantes diretos da Coroa portuguesa.

Essa derrota simbólica representou também o declínio relativo da autonomia que os paulistas haviam historicamente exercido sobre o interior da colônia desde os tempos das primeiras bandeiras sertanistas do século anterior.