Após meses de investigação, dezenas de suspeitos foram presos e interrogados, sendo transferidos posteriormente para o Rio de Janeiro, onde correria o longo processo judicial que resultaria na chamada Devassa da Inconfidência Mineira.

Ao longo do processo, que se estendeu por quase três anos, a maioria dos réus buscou minimizar sua participação nos planos conspiratórios, atribuindo a Tiradentes um papel de destaque desproporcional na articulação e na liderança do movimento.

Essa estratégia de defesa, adotada por boa parte dos envolvidos pertencentes à elite mineira, contribuiu para que Tiradentes assumisse, perante as autoridades julgadoras, a responsabilidade quase exclusiva pela organização da conspiração contra a Coroa portuguesa.

Em 1792, o tribunal responsável pelo julgamento condenou onze réus à pena de morte, sentença que seria posteriormente comutada, pela rainha Dona Maria I, para o degredo perpétuo em possessões portuguesas na África, exceto no caso de Tiradentes.

Como principal responsabilizado pela conspiração, Tiradentes teve mantida sua sentença de morte, sendo executado por enforcamento no dia 21 de abril de 1792, na cidade do Rio de Janeiro, então sede do vice-reinado do Brasil.

Após a execução, seu corpo foi esquartejado e suas partes distribuídas ao longo do caminho entre o Rio de Janeiro e Vila Rica, como forma exemplar de intimidação destinada a desencorajar futuros movimentos de contestação à autoridade metropolitana.

Os demais condenados ao degredo, entre eles Tomás Antônio Gonzaga, cumpriram suas penas em Moçambique, na costa oriental da África, enquanto Cláudio Manuel da Costa morreu na prisão em circunstâncias controversas, antes mesmo da conclusão do processo judicial.

A dura repressão movida contra os inconfidentes mineiros demonstrou a determinação da Coroa portuguesa em conter qualquer manifestação de contestação política que pudesse ameaçar a integridade de seus domínios coloniais na América.