A Primeira República, apesar de sua relativa estabilidade institucional em nível federal, foi marcada por diversos movimentos de contestação popular e militar que expunham as profundas desigualdades sociais e as tensões políticas do período.

Entre os episódios mais emblemáticos dessa conflituosidade social esteve a Guerra de Canudos, ocorrida no interior da Bahia entre 1896 e 1897, conflito que opôs o Exército brasileiro a um numeroso arraial de sertanejos liderados pelo místico religioso Antônio Conselheiro.

O arraial de Canudos, que chegou a reunir milhares de habitantes atraídos pelas pregações religiosas e pela promessa de uma vida comunitária mais justa, foi interpretado pelas autoridades republicanas como ameaça monarquista e potencial foco de subversão da ordem política vigente.

Após sucessivas expedições militares malsucedidas, o governo federal enviou um contingente extremamente numeroso de tropas, que finalmente destruiu o arraial em outubro de 1897, resultando na morte de praticamente toda sua população.

O conflito de Canudos, posteriormente imortalizado na obra literária Os Sertões, de Euclides da Cunha, evidenciou o desconhecimento das elites políticas litorâneas em relação à realidade social do sertão nordestino e a violência empregada pelo Estado republicano na repressão a movimentos populares.

Esse episódio permanece, até hoje, como um dos mais estudados exemplos das tensões sociais e religiosas que marcaram a Primeira República brasileira.