O principal objetivo das primeiras bandeiras, ainda na primeira metade do século XVII, era o apresamento de indígenas para o trabalho compulsório nas lavouras e nos engenhos da região de São Paulo e arredores.

Essa prática, conhecida como preação, alimentava um comércio interno de mão de obra indígena que se estendia por toda a colônia, uma vez que a mão de obra africana ainda era escassa e cara no planalto paulista.

As missões jesuíticas estabelecidas na região do Guairá, no atual Paraná, e em áreas vizinhas ao Paraguai, tornaram-se alvos privilegiados dos bandeirantes, que enxergavam nas reduções verdadeiros depósitos de indígenas já catequizados e organizados em aldeamentos.

Entre 1628 e 1641, sucessivas bandeiras atacaram e destruíram dezenas de reduções jesuíticas espanholas, capturando milhares de guaranis e provocando a fuga em massa de sobreviventes para regiões mais distantes, sob a proteção dos padres da Companhia de Jesus.

Esses ataques geraram conflitos diplomáticos entre as coroas ibéricas, então unidas sob o domínio filipino, e obrigaram os jesuítas a armar seus próprios indígenas, o que resultou na derrota dos paulistas na batalha de Mbororé, em 1641.

A partir dessa derrota, o foco das bandeiras começou a se deslocar gradualmente da caça ao índio para a prospecção de metais preciosos, sobretudo ouro e prata, cuja busca já mobilizava expedições desde o século anterior.

As chamadas bandeiras de prospecção percorreram vastas extensões do território em busca de veios auríferos, seguindo indícios deixados por antigas expedições espanholas e relatos indígenas sobre a existência de metais nas serras do interior.

Essas jornadas, embora frequentemente infrutíferas do ponto de vista imediato, foram responsáveis por um mapeamento inédito do sertão brasileiro, revelando a geografia de regiões como Goiás, Mato Grosso e, mais tarde, Minas Gerais.

O conhecimento acumulado por gerações de bandeirantes sobre trilhas, rios navegáveis e recursos naturais seria decisivo, poucas décadas depois, para a descoberta e exploração das primeiras jazidas de ouro do território colonial.