A organização política de Palmares combinava elementos de diferentes tradições africanas com adaptações impostas pela realidade colonial, resultando em uma estrutura que os próprios colonizadores compararam, com espanto, a um verdadeiro reino independente.

À frente da confederação de mocambos encontrava-se uma liderança central, cujo detentor recebia o título de Ganga Zumba, termo que pode ser traduzido aproximadamente como grande senhor ou grande chefe em línguas de origem banta.

Sob a autoridade do Ganga Zumba, cada mocambo mantinha razoável autonomia administrativa, governado por chefes locais que respondiam perante o líder central em questões de defesa militar e de relações externas com autoridades coloniais.

Ao longo do século XVII, Palmares enfrentou dezenas de expedições militares organizadas tanto pelas autoridades portuguesas quanto, durante o período de ocupação de Pernambuco, pelos holandeses, sem que nenhuma delas conseguisse destruir definitivamente a confederação.

Diante da persistência das investidas, Ganga Zumba chegou a negociar, em 1678, um acordo de paz com o governo de Pernambuco, que previa a liberdade para os nascidos em Palmares em troca da submissão à autoridade portuguesa.

Esse acordo, no entanto, foi rejeitado por parte significativa da liderança quilombola, que temia a perpetuação da escravidão para os que não haviam nascido livres na comunidade, gerando uma cisão interna de consequências decisivas.

Da divisão surgida após o tratado de paz emergiu a liderança de Zumbi, sobrinho de Ganga Zumba, que assumiu o comando de Palmares defendendo a resistência armada e a rejeição de qualquer acordo que mantivesse africanos em cativeiro.

Sob a liderança de Zumbi, Palmares reorganizou suas defesas militares, fortificando os principais mocambos com paliçadas e armadilhas, além de intensificar as alianças com outras comunidades de resistência espalhadas pelo sertão nordestino.

Esse período, entre o final da década de 1670 e o início da de 1690, corresponde ao apogeu da resistência de Palmares, mas também ao momento em que a repressão colonial se tornaria mais organizada e sistemática.